ffmpegで片側だけ切り出して、うまくいけば魚眼効果も外せると思う。ただ視点が1つに固定されるからめちゃくちゃ綺麗にはならない。
ffmpegで魚眼を外せなくても、片側だけレンダリングして、あとは動画編集ソフトで魚眼を補正すればいけるはず。
ffmpegのコマンドはこれ:
ffmpeg -i input.mp4 -vf "stereo3d=sbsl:mr" -c:v libx264 -crf 18 -c:a copy output_right.mp4
片側を切り出してNVENCでエンコードするだけの別のコマンドもある。ちょっと速いけど画質は少し落ちる。
ffmpeg -hwaccel cuda -hwaccel_output_format cuda -i input.mp4 -vf "hwdownload,format=nv12,crop=iw/2:ih:0:0" -c:v hevc_nvenc -preset p4 -c:a copy output_left_hevc.mp4