いや、新しいアップロードはベースフォルダの設定を引き継ぐべき。フォルダを作る人が先に設定しておいて、あとからのアップロードはドラッグ&ドロップだけで済むのが前提でしょ。
ファイルごとに公開設定がバラバラみたいな凝った使い方なら、アップロードページにgoonboxみたいな「staging」エリアを用意するべき(ただしファイル名が見える普通の縦リスト表示で)。入力に対して直感的じゃない前提で即アップロードするんじゃなくてさ。
上のバーの「Home」は、ページの中身が基本アップロードなんだから「Upload」に変えて。
ファイルマネージャーで各フォルダのページからフォルダ情報を取れるようにして。今は共有リンクが欲しいとき、親フォルダまで移動して、子フォルダの一覧から探してクリックしないとリンクが取れない。これと情報表示もそのページで使えるようにするべき。